潔凈室工程設計要注意隔離和負壓，生物安全潔凈室與工業潔凈室所不同的是首先要保證操作區維持負壓狀態，盡管此類生產區的級別不是很高，但會有較高的生物危險度級別，關于生物危險度，在我國有相應標準。通常采用的措施為二次隔離，首先由安全柜或隔離箱，將病原體與操作者逐一隔離，主要是阻止危險微生物外溢的以道屏障。二次隔離是將實驗室或工作區變為負壓區與外界的隔離。對于潔凈室工程的空氣凈化系統也相應采取一定的措施，如室內維持負壓30Pa~l0Pa，并與相鄰非潔凈區之間設置負壓緩沖區。

   潔凈室工程應該重視新排風系統的應用，生物制品生產環境送排風換氣次數，基本要在10次以上。對操作人員危害較大的菌種制品則須全新風換氣，排風速度應在13米/秒以上高速排放，同時，高效過濾器應采用金屬框，鋁鉑做板，主要為防潮長菌，這滅菌耐潮的高效過濾器也應及時更換。排風機必須設置備用，排出的氣體不允許直接進入大氣，必須經過消毒和焚燒，避免交叉污染。

   潔凈室工程的通風管道材質采用不銹鋼，連接采用焊接而不允許咬口等連接。另外，對操作人員進出通行更衣要求更為嚴格，不僅更換工作服，還須經淋浴及干燥處理，所有的衣物必須先消毒再清洗。