醫藥潔凈工程跟其他的裝修工程不同，它對潔凈度的要求十分高，包含照明系統的要求。在醫藥工業中，車間的自然采光非常少，只能通過空間的照明系統完成照明的工作。長時間的照明需要燈光更加接近自然的光源，才能讓讓車間內的人員更加舒適。醫藥潔凈工程的照明系統還有很多的要求，詳細情況如下。

   相關部門對醫藥潔凈工程的空間照明度有著嚴格的規定，其中國際照明委員會《室內照明指南》中規定，無窗廠房的照明度不能低于5001x。根據我國的電力發展水平，應滿足照明的基本要求。1501x的照度基本能滿足人們的生理和心理要求。為了提高生產效率，中國GMP第14條規定：主工作室照明應為3001x，其他的輔助區域不能低于1501x，例如走廊、更衣室和物料室等區域。這些是醫藥潔凈工程的較低標準，為了滿足生產和工作的需求，照明強度應該更高。

   醫藥潔凈工程根據照明度的要求，會選擇適當的光源。很多潔凈室中會有兩種光源，一種是專用于照明，另一種用于殺菌。用于照明的光源通常為冷光源，不容易散發熱量。在潔凈車間中，不僅僅對潔凈度有相關的要求，對溫度也有嚴格的要求。冷光源更加符合醫藥潔凈工程的相關要求，而且，冷光源電器可以減少能源的損耗，具有一定的節能性，可以減少企業的照明成本。